I redattori de La Civiltà Cattolica, che fino al 1933 conservarono l'anonimato (solo a partire da quell'anno gli articoli furono firmati) adottarono una metodologia a loro cara, che può essere sintetizzata nella formula agere contra, mutuata dagli Esercizi Spirituali scritti dal loro fondatore. Si tratta, nella sfera morale, di opporre la virtù contraria al vizio dominante per far trionfare la volontà di Dio su quella dell'uomo, e, mutatis mutandis, nella vita intellettuale e in materia teologica, di proporre la verità contro l'errore, un metodo applicabile anche in settori quali l'economia, il diritto e le scienze, se si afferma la possibilità di sottoporre ogni agire umano a un giudizio morale. In ambito politico, lo stesso sistema trova attuazione nel rivendicare un ruolo alla Chiesa, in qualità di "anima" della società temporale. Non è estraneo a questa modalità d'intervento sulle vicende d'attualità nemmeno il carattere "militare" della vocazione dei gesuiti, che li vide sempre schierati in contrapposizione diretta e che li portò naturalmente a respingere dapprima le tesi conciliatoriste, poi ogni aspetto compromissorio. Protagonista del dibattito culturale che si svolse in Italia e nella Chiesa nella seconda metà del secolo XIX, La Civiltà Cattolica portò un contributo decisivo al Sillabo, al Concilio Vaticano I e, soprattutto, all'opera di restaurazione della filosofia tomista, che avrà il suo coronamento durante il pontificato di papa Leone XIII. Rivestì sempre un ruolo di primo piano anche sulla scena politica italiana, seguendo con attenzione le vicende che portarono all'unificazione politica d'Italia e alla nascita della questione romana: dopo la breccia di Porta Pia si pose sempre come pietra d'inciampo per la classe politica liberale, minoritaria nel paese; ugualmente portò avanti la polemica contro il modernismo. In letteratura combatté il Romanticismo e sostenne il purismo, pubblicando i romanzi di padre Antonio Bresciani ("L'ebreo di Verona", "Lo zuavo pontificio"). All'inizio del Novecento la rivista si rivolgeva alla maggioranza cattolica degli italiani, nel tentativo di preparare una classe dirigente pronta ad affrontare il futuro, soprattutto dopo il graduale venir meno del non expedit. Anche durante il fascismo la rivista puntò soprattutto alla formazione della classe dirigente, ovviando all'assenza di figure di rilievo nel movimento cattolico. Nel secondo Dopoguerra La Civiltà Cattolica mise in guardia contro il pericolo comunista in Italia e nei paesi dell'Est europeo. Articoli di fuoco, come quelli firmati da padre Riccardo Lombardi, richiamavano il mondo cattolico alla necessità di organizzarsi per combattere le sinistre nella campagna elettorale del 1948. La rivista portò avanti una linea conforme, anche se critica, alle strategie di Alcide De Gasperi, rappresentata da padre Antonio Messineo e da padre Salvatore Lener. Solo all'indomani del Concilio Ecumenico Vaticano II, quando la spiritualità delle "due bandiere" - anch'essa centrale negli Esercizi Spirituali ignaziani e che induce a una rappresentazione drammatica delle forze in campo - cadde un po' in disuso, si aprì la strada a un rapporto meno conflittuale con la modernità e con il "secolo". Si placarono così anche i toni della polemica antiprotestante, in nome dell'ecumenismo e del dialogo con le altre confessioni religiose. Anche in questo mutamento, tuttavia, si può scorgere in trasparenza un'indicazione da sempre radicata nel percorso didattico dei membri della Compagnia, cioè lo sforzo di salvare nella misura del possibile l'affermazione dell'interlocutore e, in ogni caso, di considerare quanto può ridurne la responsabilità. In occasione del Concilio La Civiltà Cattolica fornì quindi un'ampia informazione sui lavori, ai quali alcuni suoi scrittori parteciparono in qualità di periti; da allora la rivista non assunse più un tono di opposizione, ma di dialogo col mondo moderno, nello sforzo di non venire meno alla verità cristiana, alla ricerca di un incontro tra fede e cultura. Il lungo pontificato di papa Giovanni Paolo II influì inevitabilmente anche sulle scelte della Compagnia di Gesù e sulla rivista, favorendo la prospettiva missionaria e la ripresa di articoli apologetici.