Il portale principale di Palazzo Madama conduce al Cortile d'onore, di forma rettangolare e di impronta architettonica rinascimentale. Durante i lavori di sistemazione del palazzo, portati a compimento da Paolo Marucelli a metà del '600, venne rispettato l'impianto originario; le sei colonne che lo compongono costituiscono infatti una testimonianza dell'edificio dei tempi di Leone X. Sotto il colonnato una targa commemora i lavori di restauro eseguiti sotto il pontificato di Clemente XIII, successore di Benedetto XIV, che acquistò il palazzo nel 1755 per ospitare gli uffici per lo Stato della Chiesa. Negli anni successivi trovarono inoltre collocazione, tra gli altri, gli uffici del tribunale e la sede della polizia papale. Da quì, l'origine del termine dialettale "La Madama", utilizzato ancora oggi a Roma per identificare le forze dell'ordine. La statua di Emilio Greco, che è al centro del cortile, fu posta nel 1972. A ridosso del cortile appoggiava la chiesa di San Salvatore in Thermis, del VI secolo, che tra la fine dell'800 e i primi decenni del '900 fu prima chiusa, poi espropriata e successivamente abbattuta per consentire il completamento del palazzo verso piazza S. Luigi dei Francesi. La chiesa era stata chiusa nel 1894 perché, a seguito di un attentato dinamitardo alla Camera, la polizia aveva ritenuto che gli attentatori potessero servirsene quale "appoggio" per analoga azione contro il Senato. A sinistra del portico si apre lo scalone d'onore. Fu ricostruito da Marucelli, almeno per un tratto, sulla traccia di quello del 1509. L'antico pavimento di travertino è stato sostituito da un altro in marmo. Il magnifico pavimento è decorato da marmi policromi, mentre lungo il perimetro sono esposti sarcofagi lapidei di epoca romana. Dal Cortile, l'accesso principale a Palazzo Madama, dove dipinti, affresci, arazzi, fregi, sculture e arredi settecenteschi conducono i visitatori attraverso la storia e l'arte italiana.