Le Commissioni permanenti si sono riunite il 6 e il 7 giugno, per la loro costituzione e per l'elezione del Presidente, dei Vice Presidenti e dei Segretari (vedi art. 27 e art. 4 del Regolamento del Senato). Questi i risultati delle votazioni:

• 1a Commissione (Affari Costituzionali): Presidente Nicola Mancino (Ulivo); Vice Presidenti Guido Calvi (Ulivo) e Francesco Nitto Palma (FI); Segretari Graziano Maffioli (UDC) e Fernando Rossi (IU-Verdi-Com).
• 2a Commissione (Giustizia): Presidente Cesare Salvi (Ulivo); Vice Presidenti Guido Ziccone (FI) e Roberto Manzione (Ulivo); Segretari Maria Luisa Boccia (RC-SE) e Giuseppe Valentino (AN).
• 3a Commissione (Esteri): Presidente Lamberto Dini (Ulivo); Vice Presidenti Alfredo Mantica (AN) e Giorgio Tonini (Aut); Segretari Antonio Polito (Ulivo) e Enrico Pianetta (FI).
• 4a Commissione (Difesa): Presidente Sergio De Gregorio (Misto, Idv); Vice Presidenti Valerio Zanone (Ulivo) e Pasquale Giuliano (FI); Segretari Lidia Brisca Menapace (RC-SE) e Sergio Divina (LNP).
• 5a Commissione (Bilancio): Presidente Enrico Morando (Ulivo); Vice Presidenti Giovanni Legnini (Ulivo) e Michele Forte (UDC); Segretari Raffaele Tecce (RC-SE) e Giorgio Clelio Stracquadanio (DC-Ind-MA).
• 6a Commissione (Finanze): Presidente Giorgio Benvenuto (Ulivo); Vice Presidenti Salvatore Bonadonna (RC-SE) e Gianpiero Carlo Cantoni (FI); Segretari Paolo Franco (LNP) e Paolo Rossi (Ulivo).
• 7a Commissione (Istruzione): Presidente Vittoria Franco (Ulivo); Vice Presidenti Maria Agostina Pellegatta (IU-Verdi-Com) e Egidio Sterpa (FI); Segretari Fabio Giambrone (Misto (IdV) e Giuseppe Valditara (AN);
• 8a Commissione (Lavori pubblici): Presidente Anna Donati (IU-Verdi-Com); Vice Presidenti Antonino Papania (Ulivo) e Guido Viceconte (FI); Segretari Paolo Brutti (Ulivo) e Alessio Butti (AN).
• 9a Commissione (Agricoltura): Presidente Nuccio Cusumano (Misto, Pop-Udeur); Vice Presidenti Leana Pignedoli (Ulivo) e Ettore Pirovano; Segretari Maria Celeste Nardini (RC-SE) e Lorenzo Piccioni (FI).
• 10a Commissione (Industria): Presidente Aldo Scarabosio (FI); Vice Presidenti Luigi Maninetti (UDC) e Marco Pecoraro Scanio (IU-Verdi-Com); Segretari Giorgio Bornacin (AN) e Costantino Garraffa (Ulivo).
• 11a Commissione (Lavoro): Presidente Tiziano Treu (Ulivo); Vice Presidenti Oreste Tofani (AN) e Stefano Zuccherini (RC-SE); Segretari Benedetto Adragna (Ulivo) e Carmelo Morra (FI).
• 12a Commissione (Sanità): Presidente Ignazio Roberto Marino (Ulivo); Vice Presidenti Cesare Cursi (AN) e Giuseppe Caforio (Misto, IDV); Segretari Gianpaolo Silvestri (IU-Verdi-Com) e Sandra Monacelli (UDC).
• 13a Commissione (Ambiente): Presidente Tommaso Sodano (RC-SE); Vice Presidenti Antonio Battaglia (AN) e Edoardo Ronchi (Ulivo); Segretari Luigi Scotti (FI) e Tommaso Barbato (Misto, Pop-Udeur).

La Giunta delle elezioni e delle immunità parlamentari si è costituita ed ha eletto Presidente Domenico Nania (AN), Vice Presidenti Antonio Boccia (Ulivo) e Aldo Scarabosio (FI) e Segretari Lucio Malan (FI) e Felice Casson (Ulivo). Per la 14a Commissione (Politiche dell'Unione Europea) il Regolamento del Senato prescrive quanto segue: "I senatori designati a far parte della 14a Commissione permanente sono in ogni caso componenti anche di altra Commissione permanente. A tal fine ciascun Gruppo parlamentare designa i propri rappresentanti nella 14a Commissione permanente successivamente alla composizione delle altre Commissioni" (art. 21).

• In settimana il Ministro della difesa Arturo Parisi ha riferito alle COMMISSIONI RIUNITE ESTERI E DIFESA (seduta del 7 giugno) sul grave attentato subito da una pattuglia del contingente militare italiano a Nassiriya. Il Presidente Franco Marini aveva espresso il 5 giugno il cordoglio dell'Assemblea per la morte del militare italiano e il ferimento di altri 4 soldati in un messaggio al Capo di Stato Maggiore della Difesa.