Durante i lavori di sistemazione del palazzo, portati a compimento da Paolo Marucelli a metà del '600, venne rispettato l'impianto originario; le sei colonne che lo compongono costituiscono infatti una testimonianza dell'edificio dei tempi di Leone X. La statua di Emilio Greco, che è al centro del cortile, fu posta nel 1972. A ridosso del cortile appoggiava la chiesa di San Salvatore in Thermis, del VI secolo, che tra la fine dell'800 e i primi decenni del '900 fu prima chiusa, poi espropriata e successivamente abbattuta per consentire il completamento del palazzo verso piazza S. Luigi dei Francesi. La chiesa era stata chiusa nel 1894 perché, a seguito di un attentato dinamitardo alla Camera, la polizia aveva ritenuto che gli attentatori potessero servirsene quale "appoggio" per analoga azione contro il Senato. A sinistra del portico si apre lo scalone d'onore. Fu ricostruito da Marucelli, almeno per un tratto, sulla traccia di quello del 1509. L'antico pavimento di travertino è stato sostituito da un altro in marmo.